Was das Vorgespräch anbelangt, funktioniert es wie bei jedem Arzttermin auch. Du hast Arzttermine grundsätzlich außerhalb der Arbeitszeit zu legen oder Urlaub/Freizeit hierfür zu nehmen. War ein anderer Termin nicht möglich (z. B. Eilbedürftigkeit oder begrenzte Terminauswahl), so hat dich der Arbeitgeber grundsätzlich gemäß § 616 BGB im notwendigen Umfang von der Arbeit freizustellen (oder deine Arbeitszeit zu verlegen).
Was den Tag der Spiegelung betrifft: Lässt du die Magenspiegelung mit Schlaf- oder Beruhigungsspritze machen, muss er dich sowieso für den Tag krankschreiben. Wenn du die Variante ohne Schlaf- oder Beruhigungsspritze wählst, schreibt er oft auf Wunsch aber auch krank, das muss aber nicht unbedingt sein. Sonst würde dasselbe gelten wie beim Vorgespräch.
Hast du einen verständnisvollen Vorgesetzten, kannst du es ihm mit der Magenspiegelung ja sagen, du bist natürlich nicht dazu verpflichtet.